Praktik kebersihan penangan makanan dalam pelaksanaan makanan pesantren sebagian besar masuk kategori buruk dan sebagian besar penangan makanan tidak mendukung kebersihan dan sanitasi. Salah satu prinsip dasar pengelolaan lembaga pangan adalah penyelenggaraan pangan yang menerapkan kebersihan dan sanitasi sesuai dengan ketentuan yang berlaku. Penyakit Diare yang sering terjadi karena makanan terkontaminasi bakteri Escherichia. Escherichia adalah sekelompok bakteri yang digunakan sebagai indikator kontaminasi tinja pada makanan yang buruk. Metode penelitian ini menggunakan desain penampang, dan pengecekan mikroba di laboratorium menggunakan metode MPN. Sampel menggunakan metode total sampling dengan total 38 sampel, Escherichia diambil dari makanan yang mengandung protein Hewani dan Protein Nabati di 3 dapur. Penilaian pengetahuan menggunakan kuesioner dan penilaian perilaku yang digunakan pengamatan di dapur. Tes statistik yang digunakan adalah uji tombak. Bakteri Escherichia menemukan 4 sampel positif dan 2 sampel negatif dan hasil analisis tes spearmen untuk pengetahuan dan perilaku memiliki P 0,491 dengan korelasi positif 0,115, hasilnya tidak signifikan karena sangat lemah. Tidak ada hubungan antara pengetahuan dan perilaku penangan makanan dengan kehadiran E.coli.