ABSTRAK Dilema Pendidikan Agama Islam di masa pandemi Covid-19 layaknya kompleksitas pendidikan secara umum. Secara pragmatis teknis, indikator pencapaiannya dapat dinilai dari aspek kognitif saja berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 57 Tahun 2014 Tentang Kurikulum 2013 Sekolah Dasar/ Madrasah Ibtidaiyah. Akan tetapi hal ini tidak memenuhi tujuan pendidikan Islam sendiri yaitu menciptakan manusia seutuhnya, meliputi akal, hati, jasmani, ruhani, akhlak dan keterampilan. Tulisan ini bertujuan menemukan cara mewujudkan tujuan pendidikan Islam dalam situasi dilematis. Dengan menggunakan metode deskriptif kualitatif, disini ditemukan perlunya inovasi dan pembenahan strategi pembelajaran seperti penggunaan media digital, pola penilaian praktikal, dan efisiensi materi kurikulum dengan asas prioritas. Disamping itu, urgen pula peran pengawasan masyarakat bersama aparat setempat dengan penyusunan aturan. Kata kunci:Dilema, Metodologi, Pendidikan Islam , Pandemi