Petani bawang merah sering menghadapi berbagai jenis permasalahan baik gagal panen atau menurunnya hasil panen. Selain itu, bawang merah tergantung musim namun kondisi musim di saat ini sering berubah secara tidak pasti. Selain itu juga, karena beberapa faktor contohnya adalah faktor hama dan penyakit. Dengan demikian perlu adanya tindakan dalam mengurangi resiko tersebut dengan pendiagnosaaan terhadap hama dan penyakit. Diagnosis mengadopsi pengetahuan seorang pakar ke dalam aplikasi menggunakan Case Based Reasoning (CBR) dan Certainty Factor (CF). Dua metode ini, digunakan untuk menghasilkan hasil yang lebih akurat dan resiko gagal panen karena hama dan penyakit bisa dikurangi. Penelusuran fakta dengan CBR yaitu dengan menggali kejadian dan kemiripan suatu kasus(similar) dengan kasus baru. Sedangkan metode CF digunakan sebagai perhitungan diagnosis dengan faktor kepastian. Hasil pengujian menunjukkan bahwa sistem ini menghasilkan penilaian dari petani terhadap kebergunaan sistem sebesar 78.5%. Hal ini membuktikan bahwa sistem pakar ini bisa membantu para petani dalam mengurangi tingkat resiko gagal panen akibat faktor hama dan penyakit.