Universitas Darussalam Gontor (UNIDA Gontor) sebagai perguruan tinggi pesantren menggunakan fingerprint scanner sebagai alat untuk melakukan absensi baik itu untuk mahasiswa ataupun dosen. Salah satunya terdapat di masjid sebagai absensi untuk meningkatkan disiplin ibadah bagi mahasiswa. Absensi menggunakan fingerprint scanner baru pertama kali digunakan pada tahun ajaran 2018/2019 sehingga memerlukan evaluasi untuk mengetahui keberhasilan sistem dan kepuasan pengguna. Fingerprint scanner yang berada di masjid digunakan khusus untuk absensi sholat wajib bagi mahasiswa. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan faktor yang mempengaruhi kepuasan mahasiswa terhadap fingerprint scanner dan menentukan indeks kepuasan mahasiswa terhadap fingerprint scanner. Penelitian ini menggunakan metode Structural Equation Modeling (SEM) untuk menganalisis hubungan antara kualitas sistem fingerprint scanner dengan kepuasan mahasiswa. Kualitas sistem pada fingerprint scanner diukur berdasarkan teori DeLone & McLean yang terdiri dari enam variabel yaitu kualitas sistem, kualitas informasi, kualitas layanan, penggunaan, kepuasan pengguna dan manfaat bersih. Metode pengumpulan data yang digunakan adalah metode random sampling. Data dikumpulkan dengan menyebarkan kuesioner secara acak kepada 116 mahasiswa UNIDA Gontor. Untuk menganalisis data menggunakan bantuan software AMOS. Hasil analisis data menunjukkan bahwa model DeLone & McLean dapat digunakan untuk mengukur kepuasan mahasiswa terhadap sistem fingerprint scanner masjid karena model teridentifikasi dan memenuhi kriteria Goodness of Fit. Hasil penelitian menjelaskan bahwa indeks kepuasan mahasiswa UNIDA Gontor terhadap sistem fingerprint scanner masjid sangat tinggi sebesar 76,5%. Kata kunci: SEM, fingerprint scanner, kepuasan mahasiswa.