Tulisan ini akan membahas metode sains yang dikemukakan oleh al Attas dan Thomas F Wall. Pertanyaan utama dalam tulisan ini adalah “dimanakah posisi pengetahuan agama dalam metode saintifik?”; dimana pengetahuan agama selama ini dipandang sebagai sumber kebenaran. dengan kata lain mungkinkah pengetahuan agama diakomiodir dalam metode ilmiah? Dari latar belakang tersebut, penelitian ini bertujuan untuk membandingkan pemikiran al Attas dan Wall dalam masalah di atas. Dipilihnya kedua tokoh karena keduanya merupakan tokoh pemikir kontemporer dalam bidang yang sama yakni filsafat ilmu, dimana al Attas mewakili filsuf ilmu Islam dan Wall mewakili peradaban ilmu Barat. Artikel ini merupakan penelitian pustaka; menggunakan analisis kontain dan perbandingan. Disamping itu, pendekatan filosofis juga akan diguakan dalam tulisan ini. Adapun hasil kajian ini adalah Wall tidak mengakomodir pengetahuan agama dalam metode ilmiahnya. Wall menumpukan kebenaran pada penelitian adalah kebenaran subjektif peneliti yang diformulasikan ke dalam hipotesis. Sebaliknya, al Attas menerima pengetahuan agama (baca: Islam) sebagai kebenaran objektif dalam metode ilmiahnya.