Pesantren dalam tradisinya yang lama hanya mengajarkan ilmu-ilmu agama yang bersifat normatif dengan menggunakan metode sorogan, bandongan, halagoh dan hafalan. Hal ini berbeda dengan Gontor yang sejak berdirinya telah mengintegrasikan sistem sekolah ke dalam sistem pendidikan pesantren. pemikiran Gontor bukan hanya mengajarkan ilmu-ilmu agama yang bersifat normatif melainkan ilmu-ilmu umum yang bersifat empirik, karena kedua ilmu tersebut sama pentingnya. Namun tentu saja karakteristik kedua ilmu di atas terdapat perbedaan metode dalam pengajaran. metode pengajaran adalah salah satu faktor penting dalam proses belajar mengajar dan merupakan suatu aturan yang dilalui oleh guru di dalam menyampaik an pelajarannya agar pengetahuan itu sampai kepada pikiran murid dengan bentuk yang baik untuk mencapai tujuan pedidikan.Melihat hal tersebut maka penulis meneliti lebih jauh tentang metode pengajaran ilmu -ilmu empirik khususnya IPA di Kulliyatul Mu' alimat Al-Islamiyah Pondok Pesantren Gontor putri. Apakah ilmu-ilmu empirik itu mentransfer metode pengajaran ilmu-ilmu normatif atau memiliki metode sendiri sebagaimana mestinya.