Penyakit yang ditularkan melalui makanan dan minuman yang dikenal dengan food borne disease yang sering kali terjadi di Indonesia disebabkan oleh virus, bakteri, protozoa dan metazoa. Kondisi ini menunjukkan kurangnya pengetahuan dan penerapan higiene sanitasi makanan yang baik. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis hubungan antara pengetahuan pekerja dapur terhadap perilaku penyimpanan dan pengolahan bahan makanan di Pondok Modern Darussalam Gontor Putri 1 dan 2 Mantingan Ngawi Jawa Timur. Jenis penelitian ini merupakan penelitian observasional dengan desain cross sectional yang dilakukan sejak bulan November sampai dengan Januari 2018 di Pondok Modern Darussalam Gontor Putri 1 dan 2. Metode pengambilan sampel yang digunakan adalah total sampling dengan jumlah responden 31 pekerja dapur dan menggunakan uji korelasi Spearman untuk mengetahui hubungan antara pengetahuan pekerja dapur terhadap perilaku penyimpanan dan pengolahan bahan makanan di Pondok Modern Darussalam Gontor Putri 1 dan 2 Mantingan Ngawi Jawa Timur. Hasil penelitian menunjukkan pengetahuan pekerja dapur berdasarkan karakteristik sebagian besar berada pada kategori sedang. Sedangkan hasil data perilaku yaitu 100% laki-laki dalam kategori memenuhi syarat higiene sanitasi, umur dan pendidikan sebagian besar tergolong dalam kategori tidak memenuhi syarat higiene sanitasi. Berdasarkan hasil uji korelasi Spearman dengan derajat kepercayaan 95% (α = 0,05), diperoleh nilai p=0,039. Hal ini dapat disimpulkan bahwa terdapat hubungan yang signifikan antara pengetahuan pekerja dapur terhadap perilaku penyimpanan dan pengolahan bahan makanan di Pondok Modern Darussalam Gontor Putri 1 dan 2 Mantingan Ngawi Jawa Timur.