Ada yang tertinggal dari gegap gempitanya wacana integrasi keilmuan, yaitu penglihatan dari sudut pandang Filsafat Ilmu. Isu integrasi keilmuan nyatanya memang bukan hanya menarik diikuti sebagai suatu wacana keilmuan, tetapi justru lebih tepat jika dilihat dalam kerangka filsafat ilmu. Berdirinya Universitas Islam, baik negeri maupun yang swasta setelah proses panjang konversi, seperti UIN, Universitas NU, Universitas Muhammadiyah, UNIDA Gontor, dll. tidak bisa dinafikan, membuat isu itu lebih dari sekedar wacana, tetapi telah menjadi suatu bangunan paradigma keilmuan integratif yang menjadi ciri khas masing-masing. Persoalan kefilsafatan yang muncul adalah mungkinkah ilmu yang berbasis agama itu menjadi ilmiah. Jika selama ini isu filsafat ilmu seputar persoalan menghindari atau membuang unsur subjektivitas ilmuwan, dan menyingkirkan intersubjektivitas tra- disi dan budaya, agar terwujud ilmu pengetahuan objektif, maka dengan gencarnya wacana integrasi keilmuan, tidak bisa tidak, filsafat ilmu mesti melihatnya sebagai isu terkini yang mesti ditemukan jalan keluarnya.